เนื้องอกลำไส้เล็กคิดเป็น 1-5% ของเนื้องอกในระบบทางเดินอาหาร เนื้องอกชนิดไม่ร้ายแรง ได้แก่ เนื้องอกกล้ามเนื้อเรียบ เนื้องอกไขมัน เนื้องอกเส้นประสาท และเนื้องอกไฟโบรมา เนื้องอกเหล่านี้สามารถทำให้เกิดอาการท้องอืด ปวด มีเลือดออก ท้องเสีย และหากเกิดการอุดตัน อาจทำให้อาเจียนได้ เนื้องอกในลำไส้ใหญ่พบไม่บ่อยนัก