ไวรัสเฮอร์ปีส์ชนิดที่ 6 ถือเป็นสาเหตุที่เป็นไปได้มากที่สุดของโรคปลอกประสาทเสื่อมแข็ง ไข้ชักในทารกแรกเกิด และโรคติดเชื้อโมโนนิวคลีโอซิส การติดเชื้อไวรัสเอปสเตน-บาร์และไซโตเมกะโลไวรัสที่ไม่ติดเชื้อ และโรคสมองอักเสบที่เกี่ยวข้องกับ HHV-6 HHV-6 เป็นโคแฟกเตอร์ในโรคเอดส์ มะเร็งปากมดลูกบางชนิด และมะเร็งโพรงจมูก