สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของโรคไตอักเสบจากเชื้อแบคทีเรีย Entembactiraceae (แบคทีเรียแกรมลบแท่ง) โดยเชื้อ Escherichia coli คิดเป็นประมาณ 80% (ในกรณีเฉียบพลันที่ไม่มีภาวะแทรกซ้อน) เชื้อก่อโรคที่พบได้น้อยกว่า ได้แก่ Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.