การวินิจฉัยทางคลินิกของผู้ป่วยไข้เวสต์ไนล์ที่เกิดขึ้นเป็นครั้งคราวนั้นเป็นเรื่องที่ยุ่งยาก ในภูมิภาคที่มีไข้เวสต์ไนล์ระบาด ผู้ป่วยที่มีอาการคล้ายไข้หวัดใหญ่หรือติดเชื้อในระบบประสาทในช่วงเดือนมิถุนายนถึงตุลาคม ถือเป็นผู้ที่สงสัยว่าเป็นไข้เวสต์ไนล์ แต่สามารถวินิจฉัยได้โดยใช้การทดสอบในห้องปฏิบัติการเท่านั้น
