โรคเอดส์ที่เกิดจากเชื้อเอชไอวีมีลักษณะเฉพาะคือ ความเสียหายของระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งอาจเกิดจากกระบวนการติดเชื้อที่ช้าในระบบประสาทส่วนกลางได้เช่นกัน การเกิดโรคของความเสียหายของระบบประสาทส่วนกลางในโรคเอดส์ในระบบประสาทมีความเกี่ยวข้องกับผลโดยตรงของพิษต่อระบบประสาทของไวรัส รวมถึงผลทางพยาธิวิทยาของเซลล์ T ที่เป็นพิษและแอนติบอดีต่อสมอง