การบำบัดด้วยอาหารเป็นพื้นฐานในการรักษาอาการแพ้อาหาร การให้นมบุตรกับแม่ที่รับประทานอาหารที่ไม่ก่อให้เกิดอาการแพ้ถือเป็นวิธีที่ดีที่สุดสำหรับเด็กที่มีอาการแพ้อาหาร หากแม่ไม่มีนมและแพ้นมวัว ให้ใช้สูตรนมถั่วเหลือง (Alsoy, Bonasoya, Frisosoy เป็นต้น) ในกรณีที่แพ้ถั่วเหลือง ให้ใช้สูตรนมที่มีส่วนประกอบของผลิตภัณฑ์ที่ผ่านการไฮโดรไลซิสโปรตีนสูง (Alfare, Alimentum, Pepti-Junior เป็นต้น) และการไฮโดรไลซิสโปรตีนนมบางส่วน (Humana, Frisopep)